日本武尊が植えたと伝わる、地上２ｍのところで結ばれた雌雄二本の「連理の榊」。

平安時代、なかなか后を迎えられなかった第５７代陽成天皇にこの榊の木の枝を献上したところ、皇后を迎えられ、皇子もお生まれになりました。そのことからも萱津神社のご神木「連理の榊」は、縁結びに霊験あらたかなご霊木として篤い信仰を集めてきました。しかし残念ながら枯れてしまい、現在はご神木の一部が社の中にお祀りされています。

萱津神社では、毎年４月にこの故事にちなんだ献神祭（縁結び祭）が行われます。

※２０１４年、境内の阿波手の池の畔に新たな縁結びの連理木・白樫が発見されました。